Запустил самодельный пневмодозатор, появилась проблема, иногда забивается иголка, прочищаю мандреной (это медики так зовут проволочки для чистки игл), все становится нормально. Так и должно быть, или мне попался некачественный “шприц” с паяльной пастой?

На шприце должна стоять дата изготовления. Если прошло больше года, могут быть проблемы.
Если не соблюдались условия хранения даже в течение срока хранения, могут быть проблемы.

Паста в шприце и диаметр иглы как соотносятся? Для дозирования чем меньше зерно, тем лучше. Для многих третий тип пасты - много, нужен четвёртый, а лучше пятый.

Для дозирования паяльной пасты следует применять не иглы, а конические насадки наподобие таких.

А у вас игла забивается в процессе? Если нет, то так и должно быть. Паста в игле засыхает очень быстро, за день-два в простой тонкой игле 0.5мм паста типа III скорее всего засохнет намертво.
Иглы на производстве принято считать одноразовыми, но их можно мыть, надо иглу снимать после работы и кидать в очиститель флюса(да хоть в растворитель), а шприц закрывать родной пластиковой крышечкой.

Игл всяких полно, конические действительно для пасты лучше подходят, хоть и работать с ними не так удобно, но это дело привычки. Не рекламы для посмотрите, какие разные иглы бывают и все они продаются обычно пачками по 50 штук, некоторые и по 1000! Можно, конечно и поштучно найти.

http://techconsystems.ru/products/12281/12344/

Я после дозирования снимаю иглу и накручиваю на обычный шприц, предварительно заполненный этиловым или изопропиловым спиртом (а лучше всего очистителем флюса, в зависимости от флюса ). Затем вручную с большим усилием выдуваю спирт. И так до тех пор, пока под микроскопом не увижу, что игла чистая. Использованный спирт можно использовать повторно (паста в осадке).

А насчёт диаметра иглы. Где-то читал, что он не менее в 7-10 раз больше размера шарика припоя. Увеличивать диаметр в зависимости от объёма дозы.