2.2 x 2.2 um - это наименьшее, что удалось найти - http://www.ebay.com/itm/281039984453?_trks...K%3AMEBIDX%3AIT
Попадались матрицы и с меньшим размером зерна, но они были супер-пупер мегапиксельными, а потому и дорогущими.

Мне хватит и 100х100 пикселей.
Существуют ли недорогие матрицы, с небольшим количеством пикселей, но маленьким их размером?

Обычно для того и стремятся сделать пиксели маленькими, чтобы их поместилось много. Вряд ли Вы найдёте совсем маленькую матрицу.

цена не от мегапиксельности зависит, а от объёмов продаж.
8ми мегапиксельные камеры для айфонов на том же ебее по 2-3$, но там интерфейс MIPI.
от других телефонов запчасти можно посмотреть
вроде этого http://www.ebay.com/itm/Original-Main-Came...=item5d4a9441ef
человеческий параллельный интерфейс судя по коичеству ног там быть должен, осталось найти название сенсора и даташит.
размер пикселя вроде 1.4мкм http://www.camerafv5.com/database/device.p...desire_hd_a9191

у кмоп сенсоров не обязательно все мегапиксели целиком считывать обычно можно задать окошко и читать только необходимые 100х100 пикселей.

а для чего нужны именно маленькие пиксели?

OV7690?

Если потребность ещё осталась, то можете скидывать ТЗ мне на мыло, попробую поспрашивать у производителей. Лучше или с даташитом максимально подходящего аналога, и т.д.