Здравствуйте!

Сопрягаю АЦП и ПЛИС Cyclone 5.

В "Сyclone V Device Handbook" Table 5-1 LVDS Vccio = 2.5V

Выход АЦП LVDS 1.2V.

Могут ли они сопрягаться напрямую или надо как-то согласовывать?

Надо просмотреть по даташиту, чтобы сигнал от АЦП попадал в рабочий диапазон для V_IcM и V_ID Циклона. Скорее всего, попадёт, тогда можно соединять напрямую. Поскольку допустимое синфазное напряжение обычно бывает почти до нуля.

Очевидно это mini-LVDS. ПОищите по этому слову в Альтеpских доках. Насколько я понял - нужны резисторы, чтобы согласовать уровни. Иначе можно получить больший шум например

http://www.altera.com/literature/hb/cyclone-v/cv_52005.pdf
page 5-53