Например, выполняется программа и вдруг зависает при выполнении какой-либо функции не важно по каким причинам.
Есть ли возможность аварийно завершить эту функцию и продолжить работу процессора? Своего рода Ctrl-Alt-Del для Nios.

ресет.
Но только это не Ctrl-Alt-Del. Да и вообще это разные сущности - Ctrl-Alt-Del это относится к операционной системе, а не к процессору. А если у вас функция зависла - переписать функцию, с возможностью ее прерывания. В общем опишите проблему.

Например, зависла функция работы в режиме прямого доступа к памяти, программа ожидает подтверждение завершения получения данных, а подтверждения нет. Понятно можно сделать таймер и по завершению его работы, завершить работу DMA и выйти из функции.
Можно ли вместо этого сделать прерывание по окончании таймера, в прерывании остановить DMA и затем востановить контекст из стека и таким образом выйти из функции? (звучит как бред конечно)

почему бред? Все так и надо, можно сделать аналог вочьдога на таймере, а по прерыванию таймера определять откуда в него ввалились, и корректно завершать задачи. В штатном режиме таймер сбрасывается и прерывания не возникает...

Так же возможно и другие варианты

Поддерживаю идею watchdog! Нормальное решение.

Правильно ли я понял, что нужно в прерывании выставить какую-нибудь переменную в 1 и по возвращеении из прерывания проверить условие и если переменная установленна в 1 то завершить функцию? Если так, то я имел ввиду не это.
Я имел ввиду следующее: при заходе в функцию контекст в том числе и место возвращения сохраняются в стек, можно ли в прерывании востановить контекст и продолжить выполнение так как будто программа вообще не заходила в функцию?

конечно, операционки так задачи переключают.

через флаг - простой вариант, еще проще вообще не входить в прерывание, а в задачах склонных к зависанию отслеживать наличие флага прерывания от таймера и по нему брякаться, не надо входить и выходить.

Отслеживание контекста более сложная задача, но тоже реальная. Другое дело надо будет иметь карту всех функций, чтобы по счетчику понимать из какой функции вы суда попали, но тоже решаемо...

А подскажите, чтобы такое почитать и посмотреть, чтобы освоить такое программирование - потому-что пока я даже не представляю с чего начать.
Работаю с NIOS.

фиг знает... это обычно в архитектуре описывают, потому надо наверное читать про архитектуру НИОСа.

Общий смысл такой, что при входе в прерывание у вас должен быть известен счетчик команд (чтобы вернуться из прерывания) счетчик команд - это указание на код из которого вы прилетели в прерывание. Если взять карту размещения функций в памяти у вас будут адреса начала и конца каждой функции, тот диапазон куда попал счетчик команд из той функции вас и дернули.

Чтобы в нее вернутся достаточно в счетчик команд загрузить это сохраненное значение, и программа пойдет дальше так как будто ее не прерывали. Только в разных архитектурах есть бонусы,в АРМ надо восстановить еще 5 регистров, и задать режим работы. Процедуру входа и выхода из прерывания надо читать в описании проца, сделать как написано и все...