Демо-плата Zynq ZC706 имеет разъем x4 (4 Lane). Она вставлена в разъем материнской платы PCIe x16. Если в ПЛИС загрузить проект PCIe x4 - все классно работает. Если же в ПЛИС загрузить проект PCIe x2 - она опознается как x1:

lspci -vvv
LnkCap: Width x2
LnkSta: Width x1

Как сделать, чтобы плата опознавалась и работала как PCIe x2?

так вроде для разьёмов существует только х1/х4/х8/х16
х2 существует только для "онбоард" распаяных , а в чем различие сие таинство великое
и опять же чипсет должен те х2 при настройке биосом поддерживать и не скатываться в х1/х4