Как спектре указать переходные отверстия из пикада. При разводке спектра ставит дефолтовые отверстия. Хотя в пикаде мои VIA стоят по умолчанию.
Вроде нада их в DO файле прописать.

В do файле:
unselect all vias
select via своё_имя

Можно и так. В атрибутах ваших цепей в ПКАД укажите для всех цепей именно ваше ПО..
Например ViaStyle=название вашего ПО. И будет вам счастье..

Какой командой можно запретить размещать переходные отверстия под любым компонентом? Не только под SMD.

Разместить в нужном Вам месте via_keepout:

define (via_keepout leepout_name (polygon or rect descriptor))

Проще всего в режиме рисования:
Define->Keepout->Draw Mode->рисуем->Define Polygon As Keepout и там уже выбираем для чего этот полигон является кипаутом.

Я только вчера начал работать со Спектрой, очень понравилась, спасибо всем за ссылки. Но вопросы естествено появились от недостатка опыта с ней.
1. По ответу Uree: это как, получается вокруг всех элементов надо так сделать, а если их много, и сохранится ли нарисованное в do для следующего раза?
2. Есть ли возможность создания слоя типа перемычек, чтобы Спектра понимала, что это не слой дорожек, а перемычки и отверстия соответственно расположить.

1. Нарисованное не сохранится в do, потому как do - это текстовый файл с командами управляющими Спекктрой. Вот если напишете в do соответствующие команды, то они естественно никуда оттуда не денутся для вех последующих "заходов" на трассировку.
2. Как-то там это решается(создание перемычек), но я с этим так и не разобрался - проще разработать и изготовить 2-х слойку чем так изгаляться.

Из-за трех перемычек делать двухслойную плату нецелесообразно. Когда-то давно (лет 10 назат я работал в досовском пикаде, там мы этот вопрос решили). Проблема в том, что вехний слой можно бы использовать как пермычки, но она же не делает дополнительные пады, а подцепляет то к ногам, то к ПО под компонентом. Вручную все это конечно же правится, но хотелось бы большей автоматизации от такой замечательной программы.