Есть такая идея прошивать МК STM32F100CBT6 который находить в устройстве посредством USB.
А главное удаленно.
Суть в том, что допустим на сайте будет находить программа написанная на Джава, которая будет через USB кабель коннектитьсяк МК, проверять на наличие уникального ID, проверять версию прошивки и прошивать если версия ниже, чем та что есть в базе сайта.
Но вопрос состоит вот в чем. Как правильно построить схему USB коннектора между МК и USB выходом. Допустим как это сделанно на STM32VLDiscovery
Заранее благодарен за помощь и очень буду признателен за примеры схем или ссылки на примерные проекты.

F100 своего контроллера USB не имеют, а на отладочной плате просто собран (на другом процессоре, из семейства F103) кусок программатора/отладчика, известного как ST-LINK.
Самый простой вариант - применить другой контроллер. Или потолще: F2xx, F3xx, F4xx, или послабее: из серии F0xx, имеющие на борту USB. Все они имеют внутри загрузчик, способный работать в том числе и через USB по протоколу DFU.
Своей программы можно не писать, есть готовые утилиты для прошивки через DFU.

То есть либо взять что Вы предложили, либо заменить на F103?
И последний вопрос, надо ли будет писать отдельно прошивку для данного МК, чтобы он определялся при подключении?
Вообщем суть такова, что при подключении устройства и запуске программы на сайте, программа определяла устройство и выдавала какую-то информацию о нем. Допустим номер устройва, уникальный ИД, версия прошивки. И если есть новая прошивка для устройства, оно бы предлогало пользователю обновить ее.

Да, для такого скорее всего придется писать свой загрузчик.
С сайта вы это не сделаете, у апплетов есть много ограничений в целях безопасности.