Может уже спрашивал.
Использую XCF08
Заливается по JTAG. JTAG спартана соединён с JTAG-флэш. Сам спартан конфигурируется по последовательному интерфейсу от флешки. Как спартаном перешить эту флешку?

Никак.

Злые вы. Уйду я от вас.

Spartan3-AN умеете прошивать свою внутреннюю с помощью
http://xc3sprog.sourceforge.net/
Про внешнюю не знаю. И уж тем более про Ваш кристалл. Скорее всего нет.

Ошибка проектирования платы.Пошли самым стандартным путём - поимели стандартные проблемы.
Всего этого можно было бы избежать с помощью :
1. Сложный путь (минимум переделок, много неисследованных моментов).
Завести ноги JTAG в том числе и на обычные I/O. Далее через JTAG протокол из ПЛИС
переписывать XCF08. Тут нужно где-то раздобыть протокол всей этой бяки - мутное место.
2. Вместо XCF08 поставить обычную SPI flash, однако не уверен что Спартна3Е поддерживает
такой режим загрузки. Если не поддерживает - этот способ не прокатит. Далее (если всё получилось)
пишем во флэш по SPI - всё очень хорошо документировано, никаких проблем.

Вот как-то так...

З Ы Не мы такие - жизнь злая...

Подкину ещё один метод, возможно тоже когда нибудь пригодиться:
Xilinx In-System Programming Using an Embedded Microcontroller

как минимум подходит atmel dataflash. думаю есть и другие варианты.