Допустим я трассирую верхнюю сторону. В этом случае мне хотелось бы, чтобы нижние компоненты и шелкография не отвлекали особо, например можно их сделать серыми. Я нашел, как сделать все слои кроме одного текущего серыми, но в идеале хочется видеть ярко верхний и верхнюю шелкографию, а не только верхний. Есть какие-нибудь решения?

Зачем вам вообще шелкография, при трассировке?

В PCB filter напиши запрос
(Layer = 'Top Layer, Top')or(Layer = 'TopOverlay')
и сделай его mask, но не делай Select.

Тут напрашивается вариант использования Layer Set.
Щелкните на кнопочку [LS] в нижней левой части окна редактора PCB.
Там можно выбрать либо один из готовых пресетов, либо создать и настроить новый в Layer Set Manager.

Спасибо за советы)