с BLVDS придется помучаться, читайте user guide для S3 от Xilinx (ну и про разводку LVDS тоже), а если все прально развести(разъемы,импеданс, длина) проблем действительно не должно быть, возможно с согласованием придется мучаться. По опыту известно, если делать по мануалу все будет нормально, иначе могут появиться нежданные эффекты. Хотя лучше использовать внешние драйверы, они по идее лучше (хотя разницы особой не видел, но насколько помню у них емкость ниже). Из-за плохой разводки помню пришлось кондер вешать между фазами, это помогло, но вызвало неоднозначную реакцию. Хотя и у LVPECL'a и у LVDS'a свои есть заморочки, но они в основном встречаются на пределе ив случае кривой разводки
Рекомендую книгу "Высокоскоростная передача цифровых данных: высший курс черной магии". Говард Джонсон. талмуд и стоит много, но зело интересно, это 2-й том, 1-й должен вроде в этом году выйти.
выдал сумбур конечно(сегодня я явно не на земле), если что пишите