Доброй ночи! Копаюсь в интернете на эту тему, но пока безрезультатно. Видел описания команд работы с SD-картой - команды инициализации, стирания, чтения и т.д. Где можно найти аналогичное описание алгоритма работы с обычной флешкой USB?

Подозреваю, что с ней общаются, как с обычным HDD, только подключенным по USB, а не по PATA/SATA (хотя, это со стороны ОС, но ведь ее запросы транслируются, опять же, в команды). А еще, поищите в Сети спецификацию на класс Mass-Storage ...

P.S. Да, вот она, например. В ней же все и расписано:
http://www.usb.org/developers/docs/devclas...massbulk_10.pdf