Исходные данные: Cyclone V + EPCQ256 в 4x Active Serial. Внутри ПЛИС вставлена функция alt_asmi_parallel, через которую процессором осуществляется обновление прошивки ПЛИС. Обмен хорошо отлажен, в частности чтение живой прошивки с последующей её записью обратно работает.
Проблема в том, что запись туда чего угодно, кроме залитой (через JTAG) и прочитанной обратно через alt_asmi_parallel прошивки не работает. Пробовали POF с оторванными заголовками, RPD, HEXOUT. Заметили что у прошивки, залитой через JTAG, заголовок несколько отличается от того, что получается в RPD.