Интересная тема. Обожаю Matlab со всеми его плюшками для обработки и визуализации экспериментальных данных, GUI и прочими прелестями. Однако, дико бесит отсутствие мультизадачности, как в C++, на котором раньше создавал программы для работы с периферийными устройствами. Банальный пример: нужно отправить данные в периферию и ждать результата измерений, но делать это не в основном трэде чтоб вся GUI не висла, а в фоне. Такое в матлабе невозможно кроме случая прикручивания C-шной библиотеки с отдельно написанным трэдом.
Посему изучаю переход на что-нибудь совмещающее в себе матлабовскую лёгкость в обработке данных, красивую визуализацию и мультитрэдинг. Видимо, это будет Phyton, но не хотелось бы еще один язык изучать.

Если мне не изменяет память, ничего не стоит запустить вторую инстанцию матлаба и заставить их общаться через локальные сокеты. Я вроде где-то даже пример видел.