Взял плату NUCLEO F401RE. Там интергрирован STLINK/V2-1 и загрузка через него прекрасно работает. Еще он создает виртуальный ком порт, который Windows 7 видит и можно порт открыть, но ничего из него не выходит. С F401 сигнал идет и внешним USB_to_serial могу данные читать. А через этот встроенный канал - молчание. Вернее самый первый раз запустил он работал. А больше - нет.

Конечно переживу без него, но все же хочется разобратьса что за фигня. Никто не сталкивался?

У меня Nucleo F072, все прекрасно работает, надо просто в доке найти какой USART вешается STLINK, ну и сконфигурировать его в STM. На моей висит вот так:
// USART user define rules
#define USARTx USART2
#define USARTx_PORT GPIOA
#define USARTx_PORT_CLK RCC_AHBPeriph_GPIOA
#define USARTx_CLK RCC_APB1Periph_USART2

#define USARTx_RX_PIN GPIO_Pin_3
#define USARTx_RX_PIN_SRC GPIO_PinSource3
#define USARTx_TX_PIN GPIO_Pin_2
#define USARTx_TX_PIN_SRC GPIO_PinSource2

А так, удобнее я еще ни чего не видел. Я правда с терминалом работаю через RealTerm

затёр программу, которая была в контроллере изначально - делов то...

Какой - известно. Там 2 пина на той часте где STLINKL Tx и Rx. Если открыть терминал и послать символ, он виден на Тх. А то что идет от 401го видно на Rx, но только не доходит до PC почему то.
Baud rate правильный.

Ну может банально тактовую частоту не проинициализировали, может не обратили внимание что тактовая с STLINK идет (8 MHz). Кстати у меня две нуклеи и у одной тактовая идет от ST-LINK, а на второй кварц стоит. Дайте больше инфы, код и т.п. Я ведь не телепат, чего вы там намудрили.

Кстати если на F4 не работает USART, но аппаратно сигналы видны, то это первый признак что неправильно проинициализирована тактовая частота ядра. На младших моделях по умолчанию ядро работает на нормальной частоте сразу, но от внутреннего генератора, а на F4 по умолчанию от внутреннего генератора ядро работает на низкой частоте. Я так понимаю что большое кол-во народа работает от внутреннего генератора и искренне верят что работают от кварца.