Соединяю между собой две контактные площадки, принадлежащие одной цепи, при помощи полигона, который принадлежит этой же цепи. Полигон типа solid fill, термальный рельеф - full contact. Так вот, если я лишь немного перекрываю полигоном контактные площадки, соединение не происходит (ratsnet line не исчезает), а если натянуть полигон на середину площадок, соединение происходит. Это нормально для Allegro? Вроде как физически соединение есть, а программа этого не замечает. Или можно в настройках подкрутить?

У Allegro подключение происходит только!!!, если полигон захватывает центр контактной площадки. То же самое и с проводниками. Если не проходит через центр - то нет подключения (даже очень-очень близко к центру - все равно останется неподключенными и появится в отчете о неподключенных выводах).