Можно ли через JTAG считать прошивку и записать её обратно в контроллер? Как это сделать в IAR? МК LPC1768, защита от считывания не установлена. Полазил по ИАРу, но никаких пунктов меню типа Read Flash to file не нашёл.

Если используете J-link, то установите J-Flash от Segger'a. Там все и найдете.

Добавлю. Если зайти в отладку в IAR без загрузки нового образа, то в отладчике можете выделить и сохранить на диск любой кусок памяти микроконтроллера.