Как правильно в самом скрипте завершить его
работу (т.е. по аналогии at+cscriptstop)?

Надо завершить работу по порту который
активирован в скрипте. Т.е. по своей команде
принимаемой скриптом по порту
(например SimTech HS-USB AT Port 9000)
завершить его работу. Это return, exit или ...

do return end

да, останавливает.

отличие только в ответе:

по порту, где запускал скрипт, ответ +CSCRIPT: 3,
а по тому который активировался в скрипте +CSCRIPT: 0

я так понимаю 3 это USB-AT-PORT, а 0 другой?

Кто работает с Lua Dev IDE v1.2?

Не нахожу режима отладки текста
без устройства. Т.е. просто пройти
команды.

Другие IDE не понимают
многие Simcom команды для Lua.

Что можете посоветовать?