Подскажите в чем может быть причина-считываю состояние порта pio in_port_to_the_INport (16..1) :
unsigned short A=IORD_ALTERA_AVALON_PIO_DATA(INPORT_BASE);
Все линии в 1, то есть считывается всегда число 65535. На разные линии этого порта снаружи подключал в графическом файле VCC и GND, соединял с выходным портом nios, на котором задавал некоторое число. Все то же самое.

При этом программа фунциклирует, например работает uart, который передает наружу данные, задаваемые в программе nios-a

2 triplex
телепаты как всегда в отпуске..
Смотрите лог-файл, что там написано, особенно раздел "Warning"

да, вы правы, спасибо, есть такое

Warning (12125): Using design file inport.v, which is not specified as a design file for the current project, but contains definitions for 1 design units and 1 entities in project
Info (12023): Found entity 1: INport

2 triplex
ну это он сказал что нашёл файло.. Смотрите дальше, там где он решил что pio-логика вам не нужна. Так же гляньте в RTL-viewer

Так лучше не делать. Компилятор может сминимизировать пол схемы, а то и всю. Я в подобных случаях использую виртуальные пины.