здравствуйте. Такой странный вопрос, если сконфигурировать ногу плис как выход , выдать на нее периодический сигнал, и подключить ее к ВЫХОДУ другой кмоп микросхемы, где сидит логический ноль,
то будет ли КЗ и сгорит ли выход плис?

Это зависит от того, какой мощности тот, другой, выход, и какой мощности выход ПЛИС. Скорее всего, ничего не сгорит, а на шине будут "странные" уровни. Но, может, и сгорит. КЗ не будет, так как ограничение выходного тока ПЛИС обычно значительно меньше ограничения по току КЗ источника питания.

то-то я и смотрю, пару раз лепил подобные косяки, и ничего не сгорало..
было интересно, почему так происходит... все-таки более чем вероятно, что максимальный ток ноги ПЛИС будет превышен, или не факт?
конкретно с чем было дело - это Virtex 4 и Сypress ez-usb fx2

Сложный вопрос. "Максимальный ток ноги" обычно документируется для максимального или минимального уровней единицы и нуля. А ток КЗ обычно ограничивается W/L канала выходных транзисторов I/O ячейки, и рассчитывается так, что, будучи закороченным на землю или питание, не превышает допуска по мощности рассеяния на этом транзисторе. Но, если закоротить сразу кучу пинов - можно и перегреть кристалл.

А вообще, это все очень индивидуально для конкретных микросхем. И, если в документации явно не сказано, что можно коротить, то этого делать не следует.

Собственно, SM всё уже сказал, поэтому нужно следить за коммутации широких шин на передачу (по WR/OE/CS и т.д.), а одиночную линию в общем случае сжечь всё-таки сложновато.
Ну и намётанный по температуре палец на корпусе микросхемы - первое дело при отладке.