Цитата(Метценгерштейн @ Feb 26 2015, 14:48)

через резюки пролазит на вход МК, тот сбоит из-за этого?
Выпайте R11, а базу транзистора соедините с +12 через резистор 20 кОм в ручную. Т. е. запуск мотора, отсоединенного от МК. Засбоит? Если нет, тогда "пролазит" действительно через "резюки", но я думаю, что это маловероятно.
Цитата(Метценгерштейн @ Feb 26 2015, 13:42)

Сам МК питается от той же шины, но после стабилизатора на + 5, затем + 3,3В.
1) Попробуйте поставить последовательный резистор в провод от +12 до входа стаб. +5. И керамический конденсатор 0.1мкФ между землей и входом стаб. +5.
Величину резистора посчитайте по току, чтобы на стабилизатор оставалось хотя бы 7 вольт.
2) Проверьте, чтобы ток мотора не шел в земле по одному пути с сигналами контроллера, как выше правильно указали.
3) Исследуйте, не летит ли помеха "по воздуху" от искрения на коллекторе. В этом случае - керамический конденсатор непосредственно на двигатель и небольшой (около 10 Ом) последовательный резистор в цепь двигателя.
Дроссели применять я бы не стал. С ними могут получаться паразитные звенящие контура, усиливающие помеху еще более (был печальный опыт. Резистор- помог.)
Если всё здесь сказанное к успеху не привело - тогда тщательно проверять, на какую именно цепь такая наводка (на сброс, на вход, ... ) и защищать эту цепь экраном или емкостью.
Попробуйте запитать МК от 3 вольтовой батарейки (с параллельным керамическим конденсатором 0.1), а не от шины. Если сбои прекратятся, значит помеха именно по цепи питания МК.