Будет ли работать конденсатор (16v 100 мкф, 16v 470мкф) если его перегреть при пайки?

А Вы проверьте!

перегреть можно по-разному. можно на 30 градусов, а можно на 300.
у вас как?

Да и конденсаторы бывают разные - электролиты и вакуумные, например. В данном случае, конечно, об этом догадаться можно, а вот об остальном - только телепатически...

Случай из моей жизни:
В 90 пришлось работать в высоковольтных сетях в связи, там подряжали наладчиков со стороны. Шефу службы показалось странным что аппаратура связи выпадает до странности циклом, в среднем каждый квартал. А наладчики получали деньги "по вызову-факту". В конце концов они расширили штат, и приняли людей, которые стали вместе с наладчиками обслуживать технику. Я тоже так попал туда. Через некоторое время выяснилось, что "грамотные" и шибко умные инженеры, чтобы иметь постоянно заказы, ставили в задающие генераторы электролиты чуток побольше ёмкостью, потом грели их паяльником, снижая ёмкость до подходящего значения генератора и ждали с уверенностью следующего заказа!

А вообще для всех деталей есть в даташитах рекомендуемый температурный профиль, за который нельзя выходить.