До сего момента писал прошивки просто создавая проекты и подключая к ним файлы. Но во на днях столкнулся с подобной штукой в библиотеке canFestival. Если я все правильно понял, то эта библиотека построена таким образом, что достаточно вызвать скрипт configure c нужными параметрами и тогда он сам создаст makefile и вызовет кросскопилятор и выплюнет куда надо результат для выбранной платформы. Я никогда раньше не работал с подобными вещами так что даже не знаю с какого края поступиться и с чего начать разбираться. Буду крайне признателен, если кто нибудь пояснит чем такой способ лучше простого создания проекта (скажем в том же CooCox + gcc) и укажет направление куда копать.

Могу только направить в сторону autotools:
http://help.ubuntu.ru/wiki/using_gnu_autotools

Что такое CooCox, я, например, понятия не имею. А что такое autotools, знают миллионы. Некоторые их называют autocrap, но вы их не слушайте. Если autotools правильно готовить, они свою работу делают хорошо.

Что такое CooCox ...
http://www.coocox.org/software.html
http://we.easyelectronics.ru/STM32/prostoy...idest-link.html