Добрый день.
В микроконтроллере STM32F107 выводы PB3, PB4 использую в качестве SPI3 SCK и MISO. Эти же выводы используются как JTAG.
В программе JTAG отключаю с помощью макроса __HAL_AFIO_REMAP_SWJ_NOJTAG();
Отладку произвожу с помощью SWD.
Если подать питание на плату, то на выводе SCK есть импульсы.
Если начать отладку, вывод SCK (JTDO) постоянно в высоком уровне, обмен по SPI не идет.
Вывод остается в высоком уровне до отключения питания.
Куда следует копать? Отладка очень нужна

Среда Eclipse, отладчик J-Link

А отладчик как подключен - всеми проводами JTAG или только двумя SWD + земля + питание? Может сам отладчик своими выходами линии держит.

Отладчик подключен только по SWDIO, SWCLK, земля, питание. Выводы JTAG к отладчику не подключены.
Еще заметил, что это наблюдается ,когда отладку начинать с заливкой FLASH и до сброса питания. Если после сброса питания запустить отладку без заливки FLASH, то все ОК.