Как обратится к флешке из ARM, в которой находится прошивка для ПЛИС? Хочется в неё записывать и из неё читать. Только вот какие регистры по какому адресу относительно FPGA Bridge. Не могу найти. Кто делал такое подскажите куда смотреть?

Как вариант зацепить её на QSPI контроллер HPS'а. Он позволяет ножки вытащить в FPGA часть. Но не уверен, что вам квартус даст назначить пины EPCS (у разных кристаллов вроде по разному, смотреть нужно). Но попробовать можно. Если нет, то поставте авалоновский EPCS/EPCQ контроллер. В ниосе для него специальный драйвер есть, но можно его "подружить" и с АРМом скорее всего. Доработать слегка, там всё просто.

Я когда-то прокидывал ножки загрузочной EPCS в логику без стандартного контроллера. Вот хвосты этого проекта, может поможет: Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Я, сомневаюсь что для Cyclone V это возможно.
В Cyclone III это делалось так:
Меню Assignment->Device->Device and Pin Options->Dual-Purpose Pin
Там находим ножки EPCS, например DCLK и назначаем ей Use as regular I/O
Таким образом после загрузки FPGA ножка становится как обычная I/O и к ней естественно подключена EPCS.
Настраиваем её как вход или выход и уровни сигнала.
При этом для EP3C10U256C8 в файле проекта *.qsf появляется

set_global_assignment -name RESERVE_DATA0_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name RESERVE_DATA1_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name RESERVE_FLASH_NCE_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name RESERVE_DCLK_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_instance_assignment -name IO_STANDARD "3.3-V LVTTL" -to Epcs_ASDO
set_instance_assignment -name IO_STANDARD "3.3-V LVTTL" -to Epcs_DATA0
set_instance_assignment -name IO_STANDARD "3.3-V LVTTL" -to Epcs_DCLK
set_instance_assignment -name IO_STANDARD "3.3-V LVTTL" -to Epcs_NCSO
set_location_assignment PIN_C1 -to Epcs_ASDO
set_location_assignment PIN_H2 -to Epcs_DATA0
set_location_assignment PIN_H1 -to Epcs_DCLK
set_location_assignment PIN_D2 -to Epcs_NCSO

Пишем протокол обмена по SPI и подменяем прошивку.

А вот в Cyclone V таких ножек не встало (убрали) по крайней мере в квартусе 13.1.
Попробуйте просто эти установки в *.qsf запихнуть. (номера ножек другие)
Пока писал, квартус 13.1. скомпилировал RESERVE_DCLK_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO" без ошибок.

2 tvcam
я тут как то описывал эту проблемы отсутствия ног для С5, суть в том, что оно там своим хардварным модулем работает, и у меня были проблемы с симуляцией (заходило , но не выходило - внутри надо было чё то городить). Так что с лапами вроде там теперь всё на автомате - само решает и юзера не пускают.