Имеем CopperPour и линию трассы принадлежащие одной цепи. Если дотянуть линию только до заливки и не соединить с падом который находится в заливке, то отображается линия Connection как будто заливка и линия трассы не соединены электрически, хотя физически(и соответственно электрически) они соединены. Что бы убрать эту линию Connection приходится тащить трассу непосредственно до самого пада. Как заставить понимать PCAD что линия трассы и заливка соединены без протягивания трассы до пада?

Никак.
А чтобы не отображалась линия Connection попробуйте команду Optimize Nets. Программа пересчитает все соединения.

У меня PCAD2006SP2.
На прикрепленном скрине видно, что дорожка только заходит на Copper Pour.
Даже не помню, когда приходилось доводить до КП или ПО. Главное, чтобы центр дорожки оказался внутри заливки.