1)Вопрос первый по конфигурированию.
В сигнальном процессоре, который мы используем, после загрузки программы требуется сделать аппаратный reset, чтобы программа начала выполняться. Что-то подобное хотел увидеть и в ПЛИС, но, судя по последовательности конфигурирования, аппаратного сброса нет.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Правильно ли я понимаю - после загрузки программы из ПЗУ в ПЛИС требуется только программный reset(который приводит все регистры в начальное состояние)?
2)По поводу тактирования.
Судя по handbook в ПЛИСИне имеется внутренний генератор, причем не один. Получается, что ПЛИСИну можно и не тактировать от внешнего генератора,а использовать внутренний?

Нет, неправильно. После того, как взвелся INIT_DONE, проект в ПЛИС готов к работе, и все регисты уже находятся в начальных состояниях.
Но если в Вашем проекте описан входной сигнал сброса, то начало работы проекта будет определяться уже этим сигналом.


Опять не верно. Внутри ПЛИС имеются блоки PLL. Опорную частоту для них все равно нужно подавать снаружи.
Если говорить по Altera, то, строго говоря, в некоторых семействах есть внутренний генератор (например, в MAX 10), но качество его сильно не айс.