Полигон и коппер соединены с одной цепью - GND
после заливки коппер ведет себя как-то странно - "сторонится" полигона в соответствии с правилами, как будто это другая цепь
Почему так происходит? Переходные также соединены с цепью GND
Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Как вам удалось полигон подключить к цепи. Полигон это просто медь и с Cooper Pour и не должна соединяться. Только в особых случаях приобретает свойство цепи. Но это не ваш случай

Свойства полигона - Tie - Copper tie

В общем убрал я полигон, изменил Copper Pour на его место и все срослось

Полигон - да, для соединения цепей в "не моем" случае. Почему-то всегда думал, что можно и просто так к цепи подключить, но все случая не предоставлялось проверить...