Есть одна схема, из неё надо сделать две платы на одном pcb. Как это можно сделать в Altium? Keep-out нарисовал для обеих плат, но не могу определить для каждой свою Board Shape. Как идеологически правильно это сделать? Можно разбить на два pcb, но как быть с одной схемой?
Платы потом встанут этажеркой - маленькая на большой с зазором в 3 мм. Интересно было бы потом их еще и совместить в 3D, но пока не принципиально.

Для начала неплохо бы почитать ЧаВо по Altium Designer

Понятно. Я думал что в Альтиум уже сделали такую возможность.
Если я разобью схему на части, тогда у меня будет два файла схем - для чистовой печати и для разводки плат. Это неправильно.

Лучше бы добавили в компонент параметр типа "board" в котором можно указать привязку в файлу печатной платы. Тогда бы в одном проекте можно было собрать несколько плат на одну или несколько схем.

рисуйте одну схему и два контура. на Board shape не обращайте внимания, это только для альтиума и красивого рассмотрения в 3Д.
сделаете с этоих контуров один набор герберов, в сопроводительной записке опишете, что там две платы и их вам надо разделить (если нужно)

Так и делаю. Но, если бы было два файла, тогда одну плату можно было вставить этажеркой на другую.

Нет, не получиться. К сожалению, в Altium иделогия - один проект - одна плата

Можно экспортировать платы в SolidWorks и там их скомпоновать.
Или использовать SolidWorks Collaboration. Тогда передачу изменений можно организовать в обе стороны. Т.е. компоненты на плате можно будет двигать в SW.