Проблема втом, что при передаче из pads layot в pads router теряется часть связей!Пробовал пере собирать схему и библиотеку

Скорее всего это просто цепи земли\питания и у вас сконфигурировано их не отображать.

Я бы даже сказал - наверняка Поскольку ничего не теряется, сколько работал - ни разу не было, чтобы нетлист передавался некорректно.