Неожиданно резко стал увеличиваться размер файла. Не подскажете, может есть какая-нибудь утилита, чтобы файл почистить. Или ещё какой-нибудь способ восстановления работоспособности файла?

классические options->Pad style->Purge unused styles и тоже самое с Via и Text не помогли

большую часть вашего файла занимают одни и теже строки
(thermal (pt 102.375 103.75) (pt 100.45473 103.75) (thermalWidth 0.25))
(thermal (pt 102.375 101.25) (pt 100.46257 101.3925) (thermalWidth 0.25))
(thermal (pt 102.375 103.75) (pt 100.45473 103.75) (thermalWidth 0.25))

P.S.
Размер вашего файла сократился до мегабайта, после того как всем полигонам сделал UnPour-Pour.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла

лично мне не нравится на BOTTOM полигон GND который пересекает все остальные - я всегда пытался избегать этого.
Но фиг знает, может и допустимо

Спасибо!!!

По поводу полигона GND, пересекающего все остальные. Мне так проще. Сначала залил все остальные. Потом залил всю оставшуюся площадь платы землёй. Хотя может так и неправильно делать.