Скажите, как мне при толщине линии 0,35 избежать прокладку линии между падами?
причем только в некоторых участках платы?

В тех участках где разводка не нужна можно нарисовать обьект Keepout (Place Keepout).

И на соответствующем слое, или на нескольких.

ну как не нужна нужна!! только чтоб растояние между pad - line было отлично от основного