Нужно динамически изменять параметры pll ep3c5. Сделал как написано в этой pdf работает, но нужно точно знать когда pll будет работать с новыми настройками. Настройки для режимов pll в m9k блоках. по диаграмма определить готовность можно по разным сигналам: scandone busy configupdate plllock , какой сигнал лучше использовать, думаю pllLock правильно думаю?

ну обычно на него резет завязывают, так что думаю да, только нужно счётчик поставить, который бы делал паузу между первым фронтом locked и принятием решения, что всё ок. насколько я помню, сигнал некоторое время может дрожать, отступ позволяет сделать схему безопасной.