Из микроконтроллера можно считать прошивку и дизассемблеровать если не установлена защита. С плис можно считать с восстановлением в верилог или hdl ? Как называется софт если такое возможно?

в плис вы считаете только схему соединений, опять же если нет защиты.
из этой схемы можно получить verilog или vhdl - но это даже не дизасемблер, это хуже... там будет просто технологическое описание соединений элементов, что-то боле менее логичное для изменения и понимая из этого не получишь, то есть суть конечных автоматов и прочее раскрыта не будет.... Насколько мне известно...

Да и это скорее всего будет бесполезно, т.к. вся внутренняя структура ПЛИС известна только инженерам-разработчикам этой ПЛИС.

Понятно, тоже так думал. Просто были сомнения.

Если немного погуглить
https://code.google.com/p/debit/
http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/downl...p1&type=pdf
https://sites.google.com/site/adepthome/

Но все это перестало развиваться много лет назад.

Восстановить hdl-исходники из битстрима - невозможно.
Восстановить полную модель устройства по битстриму и понять, как все оно работает - скорее всего практически невозможно.
Достать из битстрима какой-нибудь секрет (закрытый ключ, код загрузчика и подобное) - скорее всего возможно, но весьма сложно (очень дорого, время- и трудозатратно). Если противник - условное АНБ, то возможно практически наверняка и в разумные сроки.
Понять, как работает какой-то локальный алгоритм в устройстве - скорее всего также возможно, но еще сложнее. Вероятно, намного проще разработать алгоритм заново, чем пытаться достать его из битстрима.

У меня похожая проблема.
Имеется .jed файл, скаченный с CPLD, исходника нет. На камне полетела одна нога. Нужно достать прошивку и понять как в ней зашифрованы номера пинов кристалла, чтобы поменять пин на другой.

Почитал доки: http://www.pldtool.com/pld-file-formats , но так и не понял.
Единственне что понял - это что у меня fuse list:

L000000 11101100111111111110101011111111111010101111111111101100111111111110110011111111
111111111111111111101010111111111110101011111111111010101111111111111111111111111
110110011111111111111111111111111111111111111111111111011110101111111111111111111
10110011111111111011001111111111*
L000274 11111111111111111111111111111111111110111001111111111011110101111111111111111111
111111111111111111111011110110111111111111111111111111111111111111111111111111111
111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
11111111111111111111111111111111*
L000548 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
111111111111111110111111111111111111111111111111110111111111111111111111111111111
111111111111111111111111110111111111111111111111110111111111111111111111111111111
11111111111111111111111111111111*

Может кто сталкивался?

Покопавшись в документации я понял что расшифровать jedec - нереально, поэтому товарищи назревает второй вопрос:

Как можно посмотреть состояние пинов при работе программы? Работаю с Xilinx, и вроде бы ChipScope в CPLD не прикрутишь.
Тыкать осциллом неохота, ибо все 0201 и боюсь ненароком что-то коротну. Возможно ли это сделать как-то программно?