Заметил, что AD15 уж очень глючно генерирует pick-and-place файлы, если в проекте объявлены варианты сборки (т.е. когда я часть компонентов, например, просто не запаиваю). Гугл по сему вопросу молчит, так что я с отчаяния набыдлокодил питоновский скрипт, который берет pick-and-place, сгенерированный из проекта без применения варианта, и "патчит" его в соответствии с теми изменениями, что были сделаны в варианте.
В общем, кому интересна тема -- вот репозиторий на гитхабе. Также валяется собранный инсталятор под винды.