Datasheet сообщает только о электрических различиях между НЕ-А и А версиями.
Технически, всё различие меджу ними - то, что "А" означает Advanecd - улучшенная версия того же контроллера. Как правило, улучшены именно электрические характеристики - допустимо меньшее напряжение питания, более стабильная работа на высоких частотах, бОльшее напряжение "1" и мЕньшее "0", и тому подобные "шлифовки".
Программная совместимость должна быть полной.
upd: Опять же,
Радиокот так же утверждают, что различия только в процессе производства, но не в переферии/внутренностях.
Иногда в "А" версии разблокируются какие-то из фич, ранее бывших в состоянии "Reserved". Так что, можете попробовать обновить студию - скорее всего, после этого согласится работать с кристаллом.