Под АЦП у ATMEGA128 используются несколько входов порта PF. Оставшиеся ножки этого же порта используются как цифровые выходы. Будут ли они корректно выдавать сигнал при включенном АЦП?

Будут. Но желательно не дергать ими во время преобразования.

истина она всегда конкретна. при нормальной разводке вряд ли дерганье пинов может повлиять на показания 10-разрядного ацп. и уж точно ацп не повлияет на состояния выходных пинов.

К сожалению, мы не можем оценить нормальность разводки внутри кристалла. И уж если производитель предусмотрел в ядре специальный режим сна на время преобразования АЦП, то что должны мы предполагать о влиянии дерганья ног порта, запитанного от того же источника аналогового питания?

А где то в документации есть рекомендации по этой проблеме? А то желательно заказчику как то обосновать изменения в схеме.

Проще попробовать (вот, я так делала). На соседнюю ножку со входом АЦП подать меандр с максимальной частотой. На реальной плате. Или имитации. У меня на паре сантиметров параллельных дорожек влияло. Не помню уже точно... кажется, что вход был законденсаторен на землю. Наводка еще будет зависеть от окружения - металлический корпус и прочее.

Под рукой наверное уже старенький документ "AVR126". Смотрим п.2.9:

* Make sure analog tracks run over the analog ground plane
* Avoid having the analog signal path close to a digital signal path with high switching noise (that is, communication lines and clock signals)
* Try to toggle as few pins as possible while the ADC is converting, to avoid switching noise internally and on the power supply. The ADC is especially more
sensitive to switching the I/O pins that are powered by the analog power supply (PORTC)

----
Дополнительный вариант - взять программку, которая считает перекрёстные помехи.

Простой логики заказчику недостаточно? Порт и АЦП питаются от одного и того же входа питания (это в документации есть, см. описание ноги AVCC). При переключении ног потребляется ток хотя бы на перезарядку емкостей нагрузки. Импульсные броски потребляемого тока приводят к импульсным же броскам напряжения. То, что имульсы на напряжении питания АЦП не улучшают его характеристик - очевидно. Опять же, название режима сна "ADC Noise Reduction Mode" должно о чем-то говорить. Если не заказчику, то разработчику.