Что-то не нашел в даташите, можно ли замаскировать отдельные ноги тины26 для определения источника прерывания, как например у тины13 (установкой разрешающих бит в регистре PCMSK). Получается, что изменение уровня на любой ноге из PB[7:4],PA[7:6],PA[3] вызовет прерывание, если установлен бит PCIE1, и определить на какой ноге это произошло невозможно (кроме как читать уровни на ногах в обработчике)?

Из описания похоже что так. Только альтернативная функция может запретить прерывание от пина.
Тут скорее прерывание задумывалось для вывода из спячки, а определить причину можно после. Один из вариантов хранить состояние пинов до прерывания.

получается так, но это в принцепе поправимо, просто нужно включить проверку от какой ноги произошло прерывание.