Первоначально выбрал Eagle из-за простоты работы с эл. схемой. В этом убедился лично. Второй положительный момент - наличие большой элементной базы. Чуть позже попробовал делать платы. И результат меня вполне устроил. Но вот вопрос, там есть возможность вывода в gerber файл, но я не разобрался в деталях. Может кто напишет про настройки. Я в результате получаю только 3 файла.

Какие вопросы? В результате получаю готовую плату с завода Список всех файлов настраивается, надо только правильно прописать требуемые слои и выбрать зеркалирование (или его отсутствие). Есть еще моменты со сверловочными файлами, но они преодолимые.

Чтобы в Eagle сделать гербер нужно открыть cam-processor и выбрать там в качестве девайса нужный гербер и загрузить в этом новом окне нужный board. Чтобы получить excellon надо из борда сделать ulp drillcfg.ulp и затем в cam-processor сделать тоже самое что и с геребером но выбрать excellon.
Потом это всё можно смело открыть например в GerbTools - лучше для файлов гербера делать отдельный каталог.

Посмотрите здесь:
http://eaglecad.narod.ru/eagle/doc/tutor/tutor.htm