в строке initial contents of memory указываю бинник, а при запуске проекта в памяти одни FFFF тоесть
файл не подгрузился. что я не так делаю?

Если проект на Си, то надо указать путь к coff-файлу.

В меню Run либо Debug (непомню), есть пункт Reset ... ( так же не помню
если воспользоваться этим пунктом, то будет сброшена предыдущая информация
у объектов, в том числе и eeprom.
У меня была та же самая проблема. Делал так:
1. Сбрасывал настройки
2. Загружал образ в eeprom
Все. Удачи.