А вот такая задача возникла. Хочу вот сделать схему межплатных соединений и отобразить на ней часть Э3 от составляющих изделий. Чтобы было видно не только разъемы, а упрощенный путь сигналов от ПЛИС на одной плате до внешнего разъема на другой. Чтобы программисты понимали, как оно все в целом выглядит, и умещалось все на одном листе.

Так вот, можно ли создать такую схему внутри одного из уже нарисованных проектов, используя стандартные УГО с рефдесами, но сделать так, чтобы ничего из нее не выдавалось в нетлист платы этого проекта? Или нужно отдельный DSN делать?

Самое простое - сделать у таких УГО свойство PSpiceOnly со значением True.

отдельный DSN делать не нужно, можно в том же создать второй схематик, и в нем добавлять новые листы с вашим Э4.

Как сделать всё на одном листе - придумать можно, благо есть properties у каждого компонента и цепи, и property flow через файлик allegro.cfg можно настроить под себя. Но лично мне настраивать этот процесс совсем не хотелось бы.
Да и кто-то ещё потом взяв вашу схему, и скопипастив из неё кусок, но не имея понятия о таких "выкрутасах" будет очень опечален непонятными "глюками".

Так это только для печати схема. Нарисовать второй схематик проблемы нет. Но я хочу его рисовать, скопировав частично с нескольких схем реальные УГО. Вот эти элементы будут попадать в нетлист или нет?

Насколько я помню схем в рамках одного проекта может быть несколько, но пакуется только одна. Остальные могут входить в нее как иерархические блоки, а могут и не входить. Поэтому рисовать то, что не войдет в нетлист, в отдельной схеме можно как угодно, хоть графикой, хоть компонентами из библиотек, с приписанными к ним футпринтами.