Кто-нибудь реализовывал обновление прошивки по воздуху? Я знаю есть UART bootloader для xmega, я могу скачать прошивку с сервера через gprs модем, но кто собественно будет прошивать контроллер и толкать прошу в uart? можно ли это сделать посредством одного контроллера, чтобы он сам мог слопать прошивку?

Можно, почему нет. Вариант 1 - загрузчик умеет работать с gprs. Или вариант 2 - с gprs работает программа, принятое обновление она кладет во внешнюю память, а затем загрузчик оттуда его берет.