Какой сигнал будет на выходе АЦП двухтактного интегрирования, если с его помощью оцифровывать синусоиду?

АЦП, будучи линейным устройством, ничего нехорошего с синусом не сделает, только уменьшит немного амплитуду как sinc[отношения времени интегрирования к периоду]
и внесёт постоянную задержку, но это скорее вопрос к какому именно моменту времени относить измерение (началу интегрирования или к концу преобразования).

При кратном отношении времени интегрирования к периоду так вообще получим ноль.
Для этого классические интегрирующие АЦП и создавались.

Непонятно. Допустим, я подаю на вход двухтактного АЦП постоянный входной сигнал. Интегратор начинает интегрировать, как только интегратор закончит интегрирование, начнётся стадия "разряда", в это время счётчик будет подсчитывать количество импульсов, как только интегратор разрядится, на выходе счётчика будет пропорциональный двоичный код. А как быть с синусоидой, получается, что входной сигнал всё время меняется.

а интеграл от синуса уже не берется нынче? от t до t+T.

ну и АЧХ идеального интегратора с конечным временем интегрирования T нарисуйте или хотя бы в гугле посмотрите (moving average frequency response), всё сразу станет понятно если на этом графике на горизонтальной оси найти частоту соответствующую частоте синуса.