Перед основной программой, т.е. main, в ассемблере видны операции настройки,
как их корректно изменить на свои? Когда пишу на асме всю прогу тут всё ясно.
А как и что корректно настроить перед main в С?

Если пользуетесь IAR, то см. в "EWAVR CompilerReference.pdf", раздел "Customizing system initialization". Там все описано.

Хорошая среда должна позволять редактировать файлы подобные IARовским cstartup.s90, segment_init.c и low_level_init.c

Для CodeVision - включить опцию проекта "use external startup initialization file" и положить свой startup.asm в каталог проекта. В качестве шаблона можно использовать родной startup.asm, что лежит в каталоге c:\cvavr\bin.