Занялся тут причесыванием некоторых вещей, до которых руки никак не доходили.

Иногда использую конфигурационные перемычки.
У меня под них футпринт, состоящий из двух резисторов 0603, объединенных одним падом.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Места занимает меньше и очень наглядно, что куда замкнуто, если трассы видны. На этом плюсы заканчиваются.
Каждый раз приходится смотреть, куда именно поставить резистор, чтобы сконфигурировать именно так, как надо, если трассы не видны. И с монтажом иногда сложности.

Чего хочется. Хочется, чтобы можно было создать вариант исполнения, в котором указать, что такой-то резистор ставить, такой-то не ставить. При этом чтобы футпринт был такой же как раньше - из трех площадок. Но при этом чтобы рефдесы были разные и монтажнику можно было выдать нормальный список устанавливаемых деталей. Да еще и чтобы ГОСТу не противоречило.

Думал, что можно сделать гетерогенный УГО из двух частей. Оба резисторы, один вывод общий, два других - разные. Вроде бы всё хорошо, но как отнесется к резистору R13A R13B нормоконтроль? Обозначать тогда как резисторную сборку? Опять же, что за сборка, у которой часть можно поставить, а часть не нужно.

Все эти извращения из-за нежелания править на плате геометрию обычных футпринтов в процессе трассировки. Можно было бы, разумеется, просто поставить два резистора, наложить один пад на другой, а ошибки наложения плейсбаундов подавить, но я полагаю, что это неправильный путь.

Посоветуйте пожалуйста, как лучше поступить.

Хм... Самый простой вариант напрашивается: поставить два отдельных резистора и не накладывать пады друг на друга, но площадь теряется.

Не только площадь. Если две перемычки поставят при монтаже -- то можно питание закоротить. Проходили

Ну это решаемо. Очень редко в таких ситуациях требуется прямое подключение к земле или питанию. Чаще pull-up или pull-down. Запаяют оба - будет половина питания.
А по сабжу получается, что по-нормальному никак не сделать.

Все зависит от трактовки нормоконтролера

Это к нему нужно заруливать сначала.

Это правильный путь. Сделайте футпринт, у которого плейсбаунд будет не доходить до одного из пинов. Сам пин тоже можно сделать вполовину от нормального (можно и обычный оставить, но потом надо будет свойства прописывать, чтобы DRC гасить). На плату футпринты устанавливайте встык для получения нужной картинки. Выравнивание делается один раз, потом применяется replicate apply или объединение в группы. В библиотеке всем резисторам-кандидатам на такую установку прописываете alt_symbols и выбирате либо стандартный футпринт, либо специальный, если это надо по логике.