Для Cyclone III существовал примитив ALT_INBUF_DIFF. А как быть с Cyclone V ?

Использование примитива не обязательно.
В проекте объявляете положительный пин и используете его, как обычный сигнал, а в пинпланере объявляете его дифференциальным, после этого отрицательный пин квартус назначит сам.

И я должен буду на этот назначенный пин подпаять свой отрицательный сигнал, верно ? И еще, как я узнаю, какой именно пин Квартус выбрал ? Или он напишет ?

Как только укажете стандарт LVDS, второй пин появится автоматически с уже назначенным номером

Понял, всем спасибо ...