Суть проблемы в следующем - подаю на на вход транса сигнал (почти синус с искажениями с генератора ABRACON 40 MHz, через конденсатор), с другой стороны смотрю осциллографом относительно середины обмотки. На выходе сигнал на одном плече чуть больше чем на другом примерно на 20-25%. Перебрасываю контакты на входе, ассиметрия на выходе тоже меняется на противоположную. В чем причина?

еще добавлю для наглядности схемы включения и осциллограммы.

А что не понятного? сигнал инвертировался. Возьмите фотографию осциллограммы (2) и сделайте зеркальное отражение относительно горизонтали - получите осциллограмму 1. А постоянную составляющую транс не пропускает.

А как иначе?Это же не постоянный ток,тем более всегда на схемах точками указывают направление включения трансформатора.

Пардон, может я плохо выразился?
то что сигнал будет перевернутый это понятно, но вглядитесь в осциллограммы - амплитуда разная, и причем если поменять у входов "полярность", то и на выходах амплитуды изменятся. т.е. если бы амплитуды не менялись на выходах, то можно было б умозаключить что просто обмотка не симметрично намотана. Однако они меняются

предположу неодинаковость обмоток при расположении на каркасе, и взаиморасположение обмоток.
Разные половины имеют разную индуктивность, соответственно меняются параметры CL контура.

Для симметрирования применяют очень мудреную технологию намотки, возьмите например трансформаторы для ламповых аудиоусилителей

проверьте, где у Вас горизонтальная линия на осц когда нет сигнала (судя по рисунку, есть смещение по y)
попробуйте поменять значение блокирующей емкости, может, изменится картина.

Одно из возможных объяснений - наводка через ёмкость между первичной и вторичными обмотками.
На 40МГц - запросто.

Чтобы было все симметрично, трансформатор надо очень специально наматывать. В случае обычного транса емкость с верхнего и нижнего концов первичной обмотки на вторичную различна, поэтому амплитуды меняются в зависимости от того, какой конец первички заземлен.