На плате расположены процессор DSP (TMS) и ПЛИС Arria V. Соединены между собой в соответствии с рекомендациями, но GEN2 - не поднимается.
Подскажите, в чем может быть причина?
Или хотя бы место, способ, где можно посмотреть причину.

Причин может быть вагон и маленькая тележка. Вы бы сказали хотя бы в общих чертах, что вы наблюдаете, а то миелофон у Алисы.

Ларчик просто открывался ( в ПО зачем то снимали бит в регистре DSP, который управлял GEN2.