Здравствуйте!

Может кто уже сталкивался - как включить watchdog на Xilinx Zynq в uboot?

Думаю пока в 2 направлениях:

1) взять исходники из SDK и загнать их как-то в uboot

2) найти способ, как включить прерывания аппаратного вотчдога.

С чего лучше здесь начинать?

Не уверен, что поможет но попробуй

Выкачать:
https://github.com/Xilinx/u-boot-xlnx/

Посмотри здесь про watchdog:
https://github.com/Xilinx/u-boot-xlnx/blob/...README.watchdog

Создай свой defconfig в u-boot-xlnx/configs с необходимыми параметрами и пересобери u-boot.