Есть методика интеграции FreeRTOS в среду ISE: http://www.freertos.org/RTOS-Xilinx-SDK-BSP.html
Но после всех описанных манипуляций, в списке платформ FreeRTOS так и не появляется. В методике не указана версия ISE, на которую это рассчитано, пробовал и в 13.4, тоже не вышло.

В общем, взял VirtualBox, создал виртуальную машину с WindowsXP, на ней взгромоздил ISE 14.7, EDK, SDK, и создал небольшой проект с Microblaze. Теперь хочу создать проект под FreeRTOS. И вот тут застрял.

Тут - это где? Поконкретнее

Не удалось сделать это согласно рекомендации, т.е. добавить поддержку операционки в среду разработки.
Когда копирую файлы FreeRTOS в папку проекта, ругается на неверную структуру файлов, рекомендует запустить файл: CreateRepoDirectoryStructure.bat
Запускаю этот файл, выборочно копирую нужные файлы, сохранив их относительные пути, ничего не меняется. Пришлось создать ссылку в проекте, но исключив лишнее из сборки. Собирается (пока FreeRTOS собрал в проект, но не использую. Ранее, даже не собиралось). Сейчас буду последовательно подключать FreeRTOS к проекту standalone "hello world". Но там еще есть какие-то примочки к среде для анализа ресурсов процессов и для отладки. Их я тоже получается лишился.
На основной машине стоит ISE 13.4, там не вышло, поэтому установил все на виртуалке с чистого листа, тоже не получилось. Не понимаю, что не так делаю.
Хотелось бы создавать проект аналогично тому, как я это делаю под xilkernel. Выбираешь ОС и получаешь готовый шаблон с поддержкой "окошек" в отладчике.

Официальные рекомендации по Xilinx - строго следовать по версиям указанным в доках
(+-1) иначе имеете траблы
Например для Zynq (AMP) финальная(стабильная) версия набора:
Petalinux 2013.10, Vivado 2013.2, ISE 14.7 (Upgraded Xilinx FreeRTOS port for Zynq and updated to SDK 14_7 release )
Про Spartan не знаю, может это поможет:
http://www.freertos.org/Free-RTOS-for-Xili...tan-6-FPGA.html