У серии ATXmega для программирования используется порт RESET и у меня дилемма.
Для серийности джампера на этой ноге нафиг не нужны, но у меня используется монитор питания STM6823.
По его мануалу RES тянется ~51К на общий, но это фиг с ним. А вот сам выход логической 1 с STM на порт RESET в нормальном режиме не будет ли мешать клокам в режиме программирования мк? Может кто сталкивался.

Поставить рядом с STM резистор номиналом около 1кОм? При программировании такой ток мало чем будет мешать работе. А при работе соотношение сопротивлений не будет мешать удержанию высокого уровня на пине сброса.

Где это в мануале?

Скорей всего ~100к R1 для рисунка 12.

Может через 4,7К мк подключить.

Думаю да. Как на Figure 14 показано.
А уж будет или нет мешать программированию не знаю, но ничего не сгорит точно.